ใช้รักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่ไม่สามารถใช้ยาซัลฟาไดเมทอกซีน-ไพรมาควิน (sulfadoxine-pyrimethamine) ได้ รวมถึงใช้ป้องกันมาลาเรียในพื้นที่ที่เชื้อดื้อยา ใช้ร่วมกับโปรกวานามีน (proguanil) ในการรักษาและป้องกันมาลาเรียชนิดรุนแรงจาก Plasmodium falciparum ที่ดื้อต่อยาหลายชนิด ใช้รักษาโรคปอดอักเสบจากเชื้อ Pneumocystis jirovecii (PCP) ในผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์ โดยเฉพาะในผู้ที่แพ้หรือไม่ทนต่อยาซัลฟา มีการศึกษาใช้ในโรคติดเชื้ออื่น ๆ ที่เกิดจากปรสิตหรือจุลินทรีย์บางชนิด รวมถึงงานวิจัยเกี่ยวกับการใช้ในโรคที่เกี่ยวข้องกับไมโทคอนเดรีย