สารประกอบแอมโมเนียมไตรเทอร์นารีนี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในฐานะสารฆ่าเชื้อและสารฆ่าเชื้อชีวภาพที่มีประสิทธิภาพสูงในสถานที่ต่างๆ มักถูกผสมลงในน้ำยาฆ่าเชื้อและน้ำยาทำความสะอาดพื้นผิวสำหรับใช้ในสถานพยาบาล โรงงานแปรรูปอาหาร และครัวเรือน เนื่องจากมีประสิทธิภาพต่อจุลินทรีย์หลากหลายประเภท รวมถึงแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา

คุณสมบัติสารลดแรงตึงผิวช่วยเพิ่มความสามารถในการเจาะทะลุผนังเซลล์จุลินทรีย์ ทำให้มีประสิทธิภาพสูงเป็นพิเศษในสภาวะน้ำกระด้างที่ซึ่งสารฆ่าเชื้ออื่นๆ อาจล้มเหลว มักถูกนำมาใช้ในระบบบำบัดน้ำอุตสาหกรรมเพื่อควบคุมตะกอนชีวภาพและการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ในหอระบายความร้อนและโรงงานกระดาษ

เนื่องจากมีความเสถียรและอายุการเก็บรักษายาวนาน จึงเหมาะสำหรับผลิตภัณฑ์สเปรย์และเช็ดทำความสะอาดแบบพร้อมใช้งาน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคลในฐานะสารกันเสียและสารต้านจุลินทรีย์ อย่างไรก็ตาม ควรหลีกเลี่ยงการผสมกับสารแอนไอออนิก เนื่องจากอาจลดประสิทธิภาพลง