สารประกอบแอมโมเนียมไตรเทอร์นารีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นสารฆ่าเชื้อ มีประสิทธิภาพในการกำจัดจุลินทรีย์หลากหลายประเภท รวมถึงแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา โดยมักถูกผสมลงในน้ำยาฆ่าเชื้อและน้ำยาทำความสะอาดพื้นผิวสำหรับใช้ในสถานพยาบาล โรงงานแปรรูปอาหาร และครัวเรือน คุณสมบัติสารลดแรงตึงผิวช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการทำความสะอาดโดยลดแรงตึงผิว ทำให้ซึมซาบและขจัดสิ่งปนเปื้อนได้ดีขึ้น เนื่องจากมีความเสถียรและมีฤทธิ์ต้านจุลินทรีย์ที่คงอยู่ จึงใช้ในระบบน้ำอุตสาหกรรมเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคล เช่น ผ้าเช็ดฆ่าเชื้อและสเปรย์ที่ต้องการฤทธิ์ต้านจุลินทรีย์อย่างต่อเนื่อง