ใช้ไนตาไมซินเป็นสารกันบูดในอาหาร โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์จากนม เช่น ชีสและโยเกิร์ต เพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของเชื้อราและยีสต์ ทำให้อาหารเก็บได้นานขึ้นโดยไม่เสื่อมสภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยาเพื่อรักษาการติดเชื้อราที่ตาและผิวหนัง โดยเฉพาะในรูปแบบของยาหยอดตาหรือครีม ซึ่งช่วยยับยั้งเชื้อราไม่ให้แพร่กระจายโดยไม่ทำลายเซลล์ของร่างกาย