ควินินถูกใช้หลักในการรักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะมาลาเรียชนิดที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium falciparum ที่ดื้อยาในบางพื้นที่ นอกจากนี้ยังใช้ในกรณีที่ผู้ป่วยตอบสนองต่อยาอื่นไม่ได้หรือมีข้อห้ามในการใช้ยาอื่น ในอุตสาหกรรมเครื่องดื่ม ควินินเป็นส่วนประกอบสำคัญในน้ำทอนิก ซึ่งให้รสขมเฉพาะตัวและมีการใช้มานานในเครื่องดื่มอย่างจินแอนด์โทนิก บางครั้งควินินถูกใช้เพื่อบรรเทาอาการตะคริวกล้ามเนื้อโดยเฉพาะในผู้สูงอายุ แม้ว่าการใช้ในลักษณะนี้จะมีข้อควรระวังเรื่องผลข้างเคียงและไม่แนะนำให้ใช้บ่อยหรือในขนาดสูงโดยไม่จำเป็น ควินินยังมีคุณสมบัติในการเรืองแสง จึงถูกใช้ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ เช่น การสอบเทียบเครื่องมือวัดแสงหรือการศึกษาคุณสมบัติของสารเรืองแสง