2-Amino-6-chloropurine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาการสังเคราะห์และกลไกการทำงานของนิวคลีโอไทด์และกรดนิวคลีอิก มันเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของ DNA และ RNA เพื่อศึกษาการกลายพันธุ์และกระบวนการทางพันธุกรรม ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันถูกใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงในการรักษาโรคต่างๆ