ซิเมทิดีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในการรักษาโรคทางเดินอาหาร โดยมักถูกสั่งจ่ายเพื่อจัดการและรักษาแผลในกระเพาะอาหารและลำไส้โดยการลดการผลิตกรดในกระเพาะอาหาร นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการรักษาโรคกรดไหลย้อน (GERD) ให้ความโล่งใจจากอาการแสบร้อนกลางอกและอาหารไม่ย่อยจากกรด นอกจากนี้ ซิเมทิดีนยังใช้ป้องกันแผลในกระเพาะจากความเครียดในผู้ป่วยวิกฤติ จัดการภาวะเช่นกลุ่มอาการซอลลิงเกอร์-เอลลิสัน ซึ่งมีการผลิตกรดกระเพาะมากเกินไป และป้องกันแผลที่อาจเกิดจากการใช้ยาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) นอกเหนือจากการประยุกต์ใช้ทางเดินอาหาร มันยังถูกสำรวจสำหรับบทบาทที่เป็นไปได้ในการรักษาการติดเชื้อไวรัสบางชนิดและภาวะผิวหนัง เช่น หูด เนื่องจากผลต่อระบบภูมิคุ้มกัน