มิร์ทาซาพีนใช้หลักในการรักษาโรคซึมเศร้าที่รุนแรง โดยทำงานผ่านการเพิ่มระดับของสารสื่อประสาทบางชนิดในสมอง เช่น นอร์อิพิเนฟรินและเซโรโทนิน ซึ่งช่วยปรับปรุงอารมณ์และลดอาการของภาวะซึมเศร้า

นอกจากผลต่อโรคซึมเศร้าแล้ว ยังถูกสั่งจ่ายสำหรับโรคความวิตกกังวล นอนไม่หลับ และโรคเครียดหลังประสบเหตุการณ์ร้ายแรง (PTSD) เนื่องจากคุณสมบัติทำให้ง่วงนอน มีประโยชน์เป็นพิเศษสำหรับผู้ป่วยที่มีปัญหาการนอนหลับหรือสูญเสียความอยากอาหาร เนื่องจากสามารถกระตุ้นความหิวและส่งเสริมการเพิ่มน้ำหนัก

มิร์ทาซาพีนบางครั้งถูกใช้แบบนอกฉลากเพื่อจัดการกับอาการปวดเรื้อรัง โดยเฉพาะปวดเส้นประสาท และบรรเทาอาการคลื่นไส้และอาเจียนในผู้ป่วยที่กำลังรับเคมีบำบัด ความสามารถในการบล็อกตัวรับเฉพาะในสมองทำให้มีความยืดหยุ่นในการจัดการภาวะต่าง ๆ นอกเหนือจากการใช้หลักในการรักษาซึมเศร้า

โดยทั่วไปรับประทานทางปากในรูปแบบเม็ดหรือเม็ดที่ละลายในปาก และปรับขนาดยาตามการตอบสนองและความทนทานของผู้ป่วย เนื่องจากผลทำให้ง่วงนอน จึงมักแนะนำให้รับประทานในช่วงเย็นหรือก่อนนอน