ใช้ FC-40 เป็นของเหลวถ่ายเทความร้อนในระบบระบายความร้อนขั้นสูง โดยเฉพาะในอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ที่ต้องการการควบคุมอุณหภูมิอย่างแม่นยำ เช่น เซิร์ฟเวอร์และคอมพิวเตอร์ประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการแช่แข็งสารชีวภาพ เนื่องจากมีคุณสมบัติไม่ทำปฏิกิริยาและสามารถถ่ายเทความร้อนได้ดี โดยไม่ทำลายเซลล์หรือเนื้อเยื่อ มีการใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อการหายใจด้วยของเหลวในการศึกษาทางการแพทย์ และยังเป็นตัวทำละลายในระบบปฏิกิริยาเคมีเฉพาะทางที่ต้องการสภาพแวดล้อมที่เสถียรและไม่ไวต่อปฏิกิริยาออกซิเดชัน