ใช้ BAPTA-AM ในงานวิจัยชีววิทยาโมเลกุลและเซลล์เพื่อควบคุมระดับแคลเซียมไอออนภายในเซลล์ เนื่องจากสารนี้สามารถซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ เมื่อเข้าสู่เซลล์จะถูกย่อยโดยเอนไซม์เอสเตอเรสให้กลายเป็น BAPTA ซึ่งจับกับแคลเซียมอย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้สามารถลดหรือควบคุมความเข้มข้นของแคลเซียมภายในเซลล์ได้ จึงนิยมใช้ในการศึกษาบทบาทของแคลเซียมในกระบวนการต่างๆ เช่น การส่งสัญญาณในเซลล์ การหดตัวของกล้ามเนื้อ การปล่อยสารสื่อประสาท และการตายของเซลล์ โดยเฉพาะในงานวิจัยที่ต้องการปิดกั้นสัญญาณแคลเซียมชั่วคราวเพื่อดูผลกระทบต่อการทำงานของเซลล์