Z-FA-FMK ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งที่แรงและไม่อาจย้อนกลับได้ของโปรตีเอสซิสเทอีน (cysteine proteases) สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษาอะพอพโทซิส (apoptosis) เนื่องจากยับยั้งคาสเพส (caspases) ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในกระบวนการตายของเซลล์แบบตั้งโปรแกรม (programmed cell death) สารประกอบนี้ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจกลไกของการตายของเซลล์และเส้นทางรอดชีวิต ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยมะเร็งและการพัฒนายารักษาที่มุ่งเป้าไปยังอะพอพโทซิส นอกจากนี้ Z-FA-FMK ยังถูกนำมาใช้ในวิทยาศาสตร์ภูมิคุ้มกันเพื่อศึกษาฟังก์ชันของเซลล์ภูมิคุ้มกันและการตอบสนองต่อการอักเสบ เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนกิจกรรมของโปรตีเอสที่เกี่ยวข้องในกระบวนการเหล่านี้ ความสามารถในการยับยั้งโปรตีเอสเฉพาะเจาะจงยังช่วยในการชี้แจงบทบาทของเอนไซม์เหล่านี้ในโรคต่างๆ รวมถึงโรคเสื่อมถอยของระบบประสาทและการติดเชื้อ