2-Methoxybenzimidamide hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ตัวแทนบำบัดต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านความดันโลหิตสูงและต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการสร้างยาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่โรคหัวใจและหลอดเลือดและการติดเชื้อ นักวิจัยยังสำรวจประโยชน์ของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งช่วยในการค้นพบการรักษาใหม่สำหรับความผิดปกติของการเผาผลาญ