Perhexiline maleate ใช้หลักในการรักษาโรคหัวใจขาดเลือด (angina pectoris) ซึ่งเป็นภาวะที่มีอาการเจ็บหน้าอกเนื่องจากการไหลเวียนเลือดไปเลี้ยงหัวใจลดลง โดยยานี้ทำงานโดยปรับปรุงประสิทธิภาพการใช้ออกซิเจนของกล้ามเนื้อหัวใจ ทำให้ลดความถี่และความรุนแรงของอาการหัวใจขาดเลือด เหมาะสำหรับผู้ป่วยที่ไม่ตอบสนองดีต่อยาต้านหัวใจขาดเลือดอื่นๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาถึงประโยชน์ในการจัดการภาวะหัวใจล้มเหลวบางชนิดและภาวะหัวใจเต้นผิดจังหวะ แม้ว่าการใช้ในด้านเหล่านี้จะไม่แพร่หลาย เนื่องจากมีช่วงรักษาที่แคบ จึงจำเป็นต้องตรวจสอบระดับยาในเลือดอย่างใกล้ชิดเพื่อหลีกเลี่ยงพิษต่อร่างกาย บางครั้งยังใช้แบบนอกฉลากสำหรับภาวะกล้ามเนื้อหัวใจหนาผิดปกติ (hypertrophic cardiomyopathy) เพื่อช่วยบรรเทาอาการโดยปรับปรุงการเผาผลาญของกล้ามเนื้อหัวใจ อย่างไรก็ตาม ควรใช้ยาเฉพาะภายใต้การดูแลของแพทย์ เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรงหากใช้ไม่ถูกต้อง