ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์เป็นตัวยับยั้งเอนไซม์คาร์บอนิกแอนไฮเดรส (carbonic anhydrase inhibitors) เช่น dorzolamide ซึ่งมีการนำไปใช้รักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคต้อหิน ภาวะชัก และโรคที่เกี่ยวข้องกับการสะสมของของเหลวในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีทางการแพทย์เพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีโครงสร้างเป็นซัลโฟนามายด์ โดยสารนี้ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability เนื่องจากกลุ่ม trifluoromethyl ที่ดึงอิเล็กตรอน ส่งเสริม lipophilicity และความจำเพาะต่อเป้าหมายของยา ทำให้มีประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง