ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบยา โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์เป็นยับยั้งเอนไซม์คาร์บอนิกแอนไฮเดรส (carbonic anhydrase inhibitors) ซึ่งมักใช้รักษาโรคต้อหิน อาการชัก และโรคบางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการสะสมของกรดในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวตั้งต้นในการผลิตยาขับปัสสาวะชนิดซัลฟา (sulfonamide diuretics) และสารต้านจุลชีพบางประเภท ด้วยคุณสมบัติของหมู่ซัลโฟนาไมด์และซัลโฟนิลคลอไรด์ที่สามารถทำปฏิกิริยากับสารอื่นได้ง่าย ทำให้มีความสำคัญในสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ