ไกลคอลไคโตซานถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในระบบการส่งยา (drug delivery) เนื่องจากมีชีวภาพที่เข้ากันได้ดีและช่วยเพิ่มความละลายของยาที่ไม่ละลายในน้ำ มันทำหน้าที่เป็นตัวนำยาที่มีประสิทธิภาพสำหรับการบำบัดมะเร็งแบบกำหนดเป้าหมาย โดยช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมของยารักษา ในด้านการรักษาบาดแผล ไกลคอลไคโตซานช่วยส่งเสริมการสร้างเนื้อเยื่อใหม่และทำหน้าที่เป็นเกราะป้องกันการติดเชื้อ นอกจากนี้ยังใช้ในการส่งยีน โดยช่วยในการถ่ายเทวัสดุทางพันธุกรรมเข้าสู่เซลล์อย่างมีประสิทธิภาพ

ในอุตสาหกรรมเครื่องสำอาง ไกลคอลไคโตซานมีคุณสมบัติช่วยเพิ่มความชุ่มชื้นและการสร้างฟิล์ม ทำให้ผิวหนังชุ่มชื้นและเรียบเนียนยิ่งขึ้น รวมถึงใช้ในผลิตภัณฑ์บำรุงเส้นผมเพื่อเพิ่มความนุ่มลื่นและป้องกันการขาดหลุดร่วง

คุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ของไกลคอลไคโตซานทำให้เหมาะสำหรับใช้ในบรรจุภัณฑ์อาหาร เพื่อยืดอายุการเก็บรักษาและป้องกันการปนเปื้อนจากจุลินทรีย์ ในอุตสาหกรรมอาหาร ยังใช้เป็นสารเพิ่มความหนาแน่นและความคงตัวในผลิตภัณฑ์ เช่น น้ำสลัดและซอส ช่วยปรับปรุงเนื้อสัมผัส