D-Fructose 1,6-bisphosphate trisodium salt hydrate ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีวเคมีและชีววิทยาระดับโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษากระบวนการเมแทบอลิซึมของเซลล์ เนื่องจากเป็นสารตั้งต้นสำคัญในกระบวนการไกลโคไลซิส ซึ่งเป็นเส้นทางการสลายกลูโคสเพื่อผลิตพลังงานในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาการทำงานของเอนไซม์ต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการเมแทบอลิซึม เช่น ฟอสโฟฟรุกโตไคเนส และ aldolase ในห้องปฏิบัติการ มันยังถูกใช้เป็นส่วนหนึ่งของสารละลายบัฟเฟอร์หรือสารตั้งต้นในการทดลองเกี่ยวกับการหมักและการผลิตพลังงานในเซลล์จุลินทรีย์อีกด้วย