มันนิโนไตรโอสมีการใช้งานในด้านชีววิทยาและชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษากระบวนการเมแทบอลิซึมของคาร์โบไฮเดรต และการวิจัยเกี่ยวกับการทำงานของเอนไซม์ที่ย่อยน้ำตาลชนิดโอลิโกแซ็กคาไรด์ สารนี้มักใช้เป็นซับสเตรตในการทดลองเพื่อตรวจสอบกิจกรรมของเอนไซม์อัลฟา-กลูโคซิเดส หรือเบต้า-กลูโคซิเดส ซึ่งเกี่ยวข้องกับการแตกตัวของพันธะไกลโคซิดิก นอกจากนี้ยังมีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมอาหารและเภสัชกรรมในอนาคต โดยเฉพาะในการพัฒนาพรีไบโอติกส์หรือสารเติมแต่งที่ช่วยส่งเสริมสุขภาพของจุลินทรีย์ในลำไส้