มอลโทสใช้เป็นสารให้ความหวานอ่อนในผลิตภัณฑ์อาหาร โดยเฉพาะในเบเกอรี่และขนมหวาน เนื่องจากมีความหวานน้อยกว่าน้ำตาลซูโครสและสามารถกักเก็บความชื้นได้ดี นอกจากนี้ ยังช่วยในการเกิดสีน้ำตาลของอาหารผ่านปฏิกิริยา Maillard ทำให้อาหารมีสีและกลิ่นที่น่ารับประทานยิ่งขึ้น ในอุตสาหกรรมเครื่องดื่ม มอลโทสมักใช้เป็นแหล่งคาร์โบไฮเดรตในเครื่องดื่มเกลือแร่และเครื่องดื่มสำหรับนักกีฬา เนื่องจากร่างกายสามารถดูดซึมและใช้พลังงานจากมอลโทสได้อย่างมีประสิทธิภาพ

มอลโทสทำหน้าที่เป็นแหล่งคาร์บอนในกระบวนการหมักด้วยจุลินทรีย์สำหรับผลิตยาปฏิชีวนะ เอนไซม์ และสารชีวเคมีอื่นๆ ในอุตสาหกรรมยา มอลโทสใช้เป็นสารช่วย (excipient) เพื่อคงความเสถียรของโปรตีนและปกป้องเซลล์ระหว่างการทำให้แห้งแบบแช่แข็ง (freeze-drying)

ในงานวิจัย มอลโทสใช้เป็นสารตั้งต้นในการศึกษากิจกรรมของเอนไซม์ โดยเฉพาะในขั้นตอนทดสอบที่เกี่ยวข้องกับอะไมเลสและมอลเทส รวมถึงใช้เป็นสารตั้งต้นในการเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์บางชนิดที่ต้องการน้ำตาลเป็นแหล่งพลังงาน