ใช้ดีเอ็กซ์แทรน บลูเป็นตัวติดตามในงานวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาการไหลเวียนของเลือด การรั่วของหลอดเลือด และความสมบูรณ์ของ blood-brain barrier เนื่องจากมีขนาดโมเลกุลใหญ่และสามารถจับกับโปรตีนในพลาสมา จึงไม่ผ่านผนังหลอดเลือดได้ง่าย ทำให้เหมาะสำหรับการตรวจจับการรั่วไหลของเยื่อบุหลอดเลือด ใช้บ่อยในงานทดลองกับสัตว์เพื่อประเมินความเสียหายของหลอดเลือดฝอยในภาวะเช่น การอักเสบ โรคหลอดเลือดสมองตีบ หรือการบาดเจ็บ นอกจากนี้ยังใช้ในโครมาโทกราฟีเป็นตัวบ่งชี้สำหรับการกำหนดปริมาตรช่องว่างในคอลัมน์กรองเจล