ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารฆ่าเชื้อและสารฆ่าเชื้อโรค สารละลายกลูตารัลดีไฮด์มีความสำคัญในสถานพยาบาลสำหรับการฆ่าเชื้อแบบเย็นของอุปกรณ์ทางการแพทย์ เช่น กล้องส่องตรวจ (endoscopes), เครื่องไตเทียม (dialysis machines) และเครื่องมือผ่าตัดที่ไม่สามารถทนความร้อนได้ มันฆ่าแบคทีเรีย ไวรัส เชื้อรา และสปอร์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการฆ่าเชื้อระดับสูง

ในงานอุตสาหกรรม ใช้เป็นสารฆ่าจุลินทรีย์ (biocide) ในระบบบำบัดน้ำเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ในหอระบายความร้อน (cooling towers) และของเหลวในนาไท (oilfield fluids) นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมฟอกหนังเพื่อเพิ่มความทนทานและต้านการหดตัวของหนัง รวมถึงในอุตสาหกรรมกระดาษและสิ่งทอเพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์

ในห้องปฏิบัติการ กลูตารัลดีไฮด์เป็นสารตรึงตัวอย่าง (fixative) ทั่วไปสำหรับกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน ช่วยรักษาโครงสร้างเซลล์เนื่องจากความสามารถในการเชื่อมขวางโปรตีนที่แข็งแกร่ง นอกจากนี้ยังใช้ในการตรึงเนื้อเยื่อสำหรับการตรวจ histology และ pathology

อีกการประยุกต์ใช้สำคัญคือในภาคน้ำมันและก๊าซ ที่ซึ่งมันควบคุมการปนเปื้อนของแบคทีเรียในของเหลวสำหรับการเจาะและแตกหิน (drilling and fracturing fluids) ช่วยป้องกันการเปรี้ยว (souring) และการกัดกร่อนที่เกิดจากแบคทีเรียลดซัลเฟต (sulfate-reducing bacteria)