ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบทางเภสัชกรรม โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ การมีอะตอมไอโอดีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคัปปลิง เช่น Suzuki หรือ Heck ซึ่งมีประโยชน์ในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน ยังใช้ในเคมีการแพทย์สำหรับการติดฉลากและการศึกษา tracer เนื่องจากไอโอดีนเข้ากันได้กับไอโซโทปกัมมันตรังสี นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์ลิแกนด์รีเซพเตอร์และตัวยับยั้งเอนไซม์ โดยมีแกนไซโคลเฮกซิลที่ตำแหน่ง 4 มีไอโอดีน