MC3343 ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาเคมีเภสัชและการพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่มีประสิทธิภาพสูงในการยับยั้งเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางของโรค โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการวิจัยมะเร็งและโรคทางระบบประสาท การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การศึกษาก่อนคลินิก ซึ่งใช้ในการประเมินประสิทธิภาพ ความปลอดภัย และเภสัชจลนศาสตร์ในโมเดลเซลล์และสัตว์ นอกจากนี้ MC3343 ยังถูกนำมาใช้ในงานทดลองชีวเคมีเพื่อศึกษาการโต้ตอบระดับโมเลกุลและกลไกการออกฤทธิ์ ช่วยในการค้นพบกลยุทธ์การบำบัดใหม่ บทบาทของมันในการคัดกรองแบบความเร็วสูง (high-throughput screening) ยังสนับสนุนการระบุผู้สมัครยาที่มีศักยภาพสำหรับการพัฒนาต่อไป งานวิจัยเบื้องต้นชี้ให้เห็นว่าสารนี้มีศักยภาพในการพัฒนายาใหม่ในอนาคต