สารนี้ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างเป็นไซโคล ซึ่งมักพบในโมเลกุลของยา โดยเฉพาะยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า หรือยาปรับสมดุลทางจิตใจ เนื่องจากโครงสร้าง bicyclo[3.3.1]nonane มีความคงตัวและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อให้เข้ากับเป้าหมายของโปรตีนในร่างกาย ทำให้สารนี้มีบทบาทสำคัญในงานวิจัยและพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างสารที่มีฤทธิ์เป็นตัวยับยั้งเอนไซม์เฉพาะเจาะจง โดยอาศัยหมู่อะมิโนที่เปิดโอกาสให้ทำปฏิกิริยาต่อไปได้หลากหลายรูปแบบ