5-Chloro-2-cyanopyridine-4-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในการพัฒนายา เช่น สารยับยั้งไคเนสซึ่งสำคัญในการบำบัดมะเร็ง โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอาริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยา สารกำจัดศัตรูพืช และวัสดุที่มีคุณสมบัติพิเศษ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ โดยเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการออกแบบโมเลกุลยาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง