Morpholine-2-boronic acid ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งแบบ Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้มีความสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยาเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวเรย์เอเจนต์กรดโบรอนิก ซึ่งช่วยให้เกิดการคัปปลิ้งระหว่างฮาไลด์อะรีลหรือไวนิลกับสารประกอบออร์กาโนโบรอนเพื่อสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน แหวนมอร์โฟลีนของมันให้ความเสถียรและความละลาย ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในสภาวะปฏิกิริยาต่างๆ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยา เนื่องจากความสามารถในการนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย