ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะในการผลิตยาแก้ปวดต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) เช่น Naproxen สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคัปปลิงซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reaction) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอินทรีย์ที่มีหมู่โบรอนกับสารประกอบที่มีหมู่ฮาโลเจน 6-Methoxy-2-naphthaleneboronic acid มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน เช่น ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยให้เกิดการเชื่อมต่อกับโมเลกุลอื่นได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ๆ ในด้านวัสดุศาสตร์และอิเล็กทรอนิกส์อีกด้วย กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันทำให้มีคุณค่าในการนำไปใช้ในเซ็นเซอร์และการวินิจฉัย โดยเฉพาะในการตรวจจับน้ำตาลและโมเลกุลที่เกี่ยวข้องทางชีวภาพอื่นๆ