6-Fluoro-3-pyridinylboronic acid ถูกใช้ในปฏิกิริยา cross-coupling แบบ Suzuki-Miyaura เพื่อสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่างๆ ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาอนุพันธ์ pyridine ที่มีฟลูออรีน ซึ่งมีคุณค่าในเคมียารักษาเนื่องจากกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้นและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้การเชื่อมต่อกับโมเลกุลอื่นๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์