5-Formylfuran-3-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีและยา เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันทั้งฟอร์มิลและโบโรนิกแอซิดที่สามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย มักใช้ในการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีประโยชน์ทางเภสัชกรรม เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในกระบวนการคัปปลิงแบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในเคมีอินทรีย์สังเคราะห์ ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ