5-Chloro-2-methoxyphenylboronic acid ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้การ coupling กับ aryl halides มีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าในการผลิตยา สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และตัวแทนวินิจฉัยเนื่องจากความสามารถในการจับติดกับเป้าหมายทางชีวภาพโดยเฉพาะ ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในกระบวนการเคมีต่างๆ