5-Chloro-2-fluorophenylboronic acid ใช้เป็นสารกลางสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์โครงสร้าง biaryl ที่จำเป็นสำหรับเภสัชกรรมและวัสดุอินทรีย์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการพัฒนายา รวมถึงการรักษาที่มีศักยภาพสำหรับมะเร็งและโรคอื่นๆ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ บทบาทในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตวัสดุขั้นสูง เช่น ของเหลวผลึกและโพลิเมอร์ ซึ่งใช้ในอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์และเทคโนโลยีการแสดงผล