5-chloro-2-methoxypyridin-3-yl-3-boronic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอาริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้จึงมีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยา สารตั้งต้นสำหรับวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ และสารเคมีทางการเกษตร นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคหรือการใช้งานในอุตสาหกรรมอื่น ๆ อีกด้วย