4-Carboxy-3-fluorophenylboronic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการสังเคราะห์สารเคมีและอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน (C-C bond formation) และปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนสำหรับยารักษาโรค นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มของสารต้านมะเร็งและสารต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่โบรอนและฟลูออรีนทำให้มีศักยภาพในการปรับปรุงประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา