4-Chloro-2-fluorobenzeneboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาไรล์หรือวินิลแฮไลด์ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงวัสดุทางอิเล็กทรอนิกส์และโพลิเมอร์ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีภัณฑ์อีกด้วย