4-Amino-3-fluorophenylboronic acid hydrochloride ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการคู่ข้าม Suzuki-Miyaura ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวเร่งสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน หมู่ boronic acid ของมันช่วยให้การคู่ข้ามกับ aryl halides มีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าในการผลิตโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและเซ็นเซอร์ เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับสารวิเคราะห์เฉพาะ ซึ่งช่วยในการตรวจสอบทางชีวเคมีและสิ่งแวดล้อม หมู่ fluorine ที่แทนที่ช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยา ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในแอปพลิเคชันทางเร่งปฏิกิริยาและวิทยาศาสตร์วัสดุต่างๆ