3-Methoxycarbonylphenylboronic acid ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมยาและสารเคมีเกษตร มีคุณค่าอย่างยิ่งในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม Suzuki-Miyaura ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนได้ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และตัวแทนวินิจฉัย เนื่องจากกลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันสามารถจับกับไดออลและน้ำตาลได้อย่างเลือกสรร คุณสมบัตินี้ถูกนำมาใช้ในเทคโนโลยีการตรวจจับกลูโคสและการทดสอบทางชีวเคมีอื่น ๆ ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งใช้ในการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์และการสร้างวัสดุขั้นสูงที่มีหน้าที่เฉพาะเจาะจง