3-Methoxypyridine-4-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท สารนี้มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนเพื่อสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันทำให้มีคุณค่าต่อเทคโนโลยีเซ็นเซอร์สำหรับตรวจจับสารชีวภาพหรือสารเคมีเฉพาะเจาะจง