3-Methyl-4-morpholinophenylboronic Acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง มันมีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม Suzuki-Miyaura ซึ่งช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตวัสดุขั้นสูง เช่น ไดโอดออแกนิกที่ปล่อยแสง (OLEDs) เนื่องจากความสามารถในการอำนวยความสะดวกในการออกแบบโมเลกุลอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนาโมเลกุลชีวภาพและศึกษายับยั้งเอนไซม์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาเคมีภัณฑ์ยา