3-Chloro-5-fluorobenzeneboronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม Suzuki-Miyaura ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม กลุ่มบอโรนิกแอซิดช่วยอำนวยความสะดวกในการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพได้หลากหลาย นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งช่วยในการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและวัสดุฟังก์ชันนัล ผู้แทนฮาโลเจนช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ ทำให้เป็นสารเคมีที่มีค่ามากในเคมียารักษาโรคสำหรับการค้นคว้าและพัฒนายา