3-Chloro-4-fluorophenylboronic acid ใช้อย่างแพร่หลายในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นสารสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและสารเคมีทางการเกษตร กลุ่มโบรอนิกแอซิดช่วยให้เกิดการจับคู่ที่มีประสิทธิภาพกับอะริลฮาไลด์ ส่งเสริมการสร้างโครงสร้าง biaryl ที่จำเป็นต่อการพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตผลึกเหลวและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ ซึ่งต้องการสถาปัตยกรรมโมเลกุลที่แม่นยำ ผู้แทน chloro และ fluoro ช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เคมีละเอียดและการประยุกต์ใช้ทางวิทยาศาสตร์วัสดุ