กรดบอโรนิก 3-ฟลูออโรฟีนิล ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการคู่ครอส Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้มีความสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าในการผลิตยาเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย รวมถึงยารักษาโรคที่มุ่งเป้าไปที่มะเร็ง การอักเสบ และโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และเครื่องมือวินิจฉัย เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับไดออลและหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ ทำให้มีประโยชน์ในการตรวจจับกลูโคสและการวิเคราะห์อื่นๆ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในงานวิจัยทางเคมีสมัยใหม่และกระบวนการอุตสาหกรรม