3-Fluoro-5-methoxybenzeneboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในปฏิกิริยาการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมโมเลกุลที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ส่งผลให้เกิดโครงสร้างไบอาริลที่จำเป็นสำหรับยาและสารเคมีเกษตร หมู่ฟลูออรีนและเมทอกซีช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาผู้สมัครยาและวัสดุที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์เฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์วัสดุอินทรีย์ขั้นสูงและผลึกเหลว ซึ่งต้องอาศัยสถาปัตยกรรมโมเลกุลที่แม่นยำ