3-Fluoro-4-methoxyphenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่าง ๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอะริลโบรอนิกแอซิดกับอะริลฮาไลด์ กระบวนการนี้มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยาและวัสดุศาสตร์ เนื่องจากช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนและมีคุณสมบัติเฉพาะตัว นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านเชื้อจุลินทรีย์ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งหมู่ฟลูออโรและเมทอกซีซึ่งมีอิทธิพลต่อกิจกรรมทางชีวภาพของโมเลกุล