3-Morpholinophenylboronic acid hydrochloride ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ช่วยในการค้นพบยาและงานวิจัยทางเคมีเภสัชกรรม กลุ่ม boronic acid ของมันทำให้มีคุณค่าการออกแบบเซ็นเซอร์และโพรบสำหรับตรวจจับสารวิเคราะห์เฉพาะในงานศึกษาทางชีวเคมี นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตวัสดุสำหรับอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์ขั้นสูง