(3-Morpholinophenyl)boronic acid ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าในการผลิตยา สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญ ช่วยให้สามารถเกิดการคัปปลิ้งระหว่าง aryl หรือ vinyl halides กับ arylboronic acids เพื่อสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ และเป็นบล็อกก่อสร้างในเคมียารักษาโรคสำหรับการค้นพบยา ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในกระบวนการเร่งปฏิกิริยาต่างๆ