5-Boronoisophthalic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยา cross-coupling แบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโครงสร้างโลหะ-อินทรีย์ (MOFs) เนื่องจากความสามารถในการก่อตัวพันธะประสานที่เสถียรกับไอออนโลหะ ทำให้มีคุณค่าในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการใช้งานเช่น การกักเก็บก๊าซและการเร่งปฏิกิริยา นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการออกแบบเซ็นเซอร์และตัวแทนการถ่ายภาพ โดยใช้ประโยชน์จากคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์สำหรับการใช้งานทางชีวภาพและการวิเคราะห์