ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญ (intermediate) ในการเตรียมยาต่างๆ กลุ่มบอโรนิกแอซิดช่วยอำนวยในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ทำให้เกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอนที่จำเป็นสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ (enzyme inhibitors) และตัวต่อต้านตัวรับ (receptor antagonists) ซึ่งช่วยสนับสนุนความพยายามในการค้นพบยา กลุ่มมอร์โฟลิโนช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในตัวกลางน้ำและอินทรีย์ นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์โพลิเมอร์ขั้นสูงและนาโนวัสดุ