2-Chloro-6-fluorophenylboronic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอะริลโบรนิกแอซิดกับอะริลฮาไลด์ กระบวนการนี้มีความสำคัญในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน เช่น ยาและสารเคมีทางการเกษตร นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อสร้างโมเลกุลใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยให้เกิดการปรับเปลี่ยนและเพิ่มประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพได้ง่าย