2-Chloro-4-(Methyl-d3)-pyrimidine-5-boronic acid เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบเดยูเทอเรียม (deuterated compounds) หมู่ boronic acid ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่าตลอดปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งใช้กันอย่างแพร่หลายในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ซับซ้อน รวมถึงยาที่มีศักยภาพ การมีฉลากเดยูเทอเรียม (D3) ช่วยในการศึกษากลไกเมแทบอลิซึมและความเสถียรของยา สนับสนุนการพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัยยิ่งขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบที่มีฉลากสำหรับการวิเคราะห์ด้วย mass spectrometry และ NMR studies เพื่อให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับโครงสร้างโมเลกุลและปฏิกิริยา ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการ Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบที่มีหมู่ฮาโลเจน ทำให้ได้สารประกอบที่มีความหลากหลายและมีประโยชน์ในหลายสาขา เช่น การพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตร นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางเคมีในห้องปฏิบัติการเพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น