2,6-Dimethoxy-3-pyridineboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอะริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ ๆ เช่น โพลีเมอร์และวัสดุนาโน ที่สามารถนำไปใช้งานในอุตสาหกรรมต่าง ๆ ได้อย่างกว้างขวาง